目前在日本每个国立大学里，几乎都设有印度哲学科和中国文学科，提供研究佛学的环境。各佛教宗派也几乎都各自设有佛教大学与佛教专科学校。到目前为止，除了公立大学的印度哲学科舆东洋文化研究所之外，由佛教界所创办的正式大学已达三十余所，其中有十七所设有专研佛学的科系与研究所，连同其它各公私立大学每年所进行的研究、培养出的学士、硕士、博士，数量之多可以想见。
日本因其国内的佛教向以宗派为主要的统辖力量，由于其组织的活力旺盛，因此透过宗派的力量出资与办教学机构的风气也很蓬勃，从幼稚园、小学、中学到大学、研究所都有。如此兴盛的佛教教育，在学术上的影响是，促使佛学水准的提升，并刺激佛教相关事业的发达，而在教义上也迭有新诠，使得传教方式不断地革新。
近百年来林立的佛学系所与佛教大学，为日本养成了一批批优秀的佛学青年学者。就读佛教大学的学生可略分为来自日本各宗派的僧众、信徒以及一般青年，其毕业后就业一般以教育、文化、社会福利或弘法修行为主。
日本目前的“佛教兴办大学”大致可分为两个方向，一是利用现有的大学成立佛学相关科系或研究所，由佛教界出资并提供人才；一是以各宗派组织的力量创立综合性大学，培养佛学及一般学科之人才。
目前在日本设有佛教相关科系的国立大学，较著名的有东京大学、京都大学、东北大学、北海道大学、名古屋大学、大阪大学、广岛大学、九州大学等。
至于各宗派创立综合性性大学，可说是日本佛教现代化的产物。日本佛教在近代曾经历了“神佛分离”、“排佛毁释”等危机冲击，佛教界受此刺激，自觉佛教必须自救，因而派遣了大批留学僧远赴欧洲留学，这批留学僧回国后即成为日本佛教现代化的有力支持者，更将西方那一套佛学研究的方法带回日本国内，对日本佛教教育的革新有快定性的影响。自十九世纪末（一八九九年）开始施行的私立学校法中，曾有一条“宗教教育禁止令”，在一九四五年解禁后，由佛教各宗派所设立的大学即纷纷成立。
日本由各宗派所创办的佛教大学:
校 名 宗 派 所在地
龙广大学 净土真宗 京都市
大谷大学 净土真宗 京都市
佛教大学 净土宗 京都市
高野山大学真言宗 高野山派 和歌山朽县
花园大学 临济宗 京都市
驹泽大学 曹洞宗 东京都
立正大学 日莲宗 京都市
大正大学 天台宗、真言宗、净土宗京都市
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